然而《纪效新书》也存在一些不适合朱棡采用的内容，比如卷首三篇中的前两篇。
第一篇任临观请创立兵营公移，这一篇是戚继光呈给长官的上呈公文，也是纪效新书全文中极少数比较咬文嚼字的记述。
按理说这篇上呈公文朱棡应该彻底剔除掉，可其中不仅让人看到当时的军事体系，而且讲述了一些明朝中晚期军队中的弊病。
尽管现在还没有成为明朝军队中的普遍现象，但是对于洪武年间的骄兵悍将依然有着警示作用。
卷首第二篇新任台金严请任事公移，则是戚继光担任浙江台、金、严等地参将时，呈给上级长官的公文。
然而其中却包括了许多革除军队弊病的良策，这些都是要保留下来的。
当然《纪效新书》里面也存在一些，在后世看来极不合时宜的说法。
其中最有争议的一点就是，应通过断人吉凶祸福的相法来排除一些凶死之人，并看重一些拥有福气相貌的人。
戚继光还认为这样就能把选人用人的方法，运用到很精妙的境界。
另外他还主张用乡间有些愚笨、迟钝的人做士卒，这也是朱棡至今都感到无法理解的。
然而即便是《纪效新书》存在一些瑕疵，也依然无法改变他在后世被很多军中将领推崇。
主要就是因为通过《纪效新书》训练出来的精兵，能在历史上达到这种层次的，也就只有南宋岳王爷训练出来的军队了。
戚继光自然没办法直接效仿岳飞的做法，于是针对大明所面对的情况，他从最基本的人情入手循序渐进。
在思想教育课堂的第一课中，戚继光对士兵和颜悦色地说道：“我们当兵的可能一年到头也没打几场仗，大多数时间都是在悠闲地生活。
即使是这么悠闲，每天也少不了三分银子。
这银子都是从百姓那里征来的，你们在家里时都是种地的百姓。
回想上缴这些银两时的艰辛，再想想各位今日拿到银子的容易。
所谓养兵千日，用在一时。
一年到头朝廷和百姓就指望咱们，能够打上一、两个胜仗。
戚继光这番话朴实无华，道理通俗易懂。
通过角色的转换，激发士兵共鸣，忆苦思甜，从愧疚感中激发出上进心。
随着训练的推进，戚继光又把杀敌意义引申到了“保民护国”的使命上。
他对士兵说道：“咱们本是为立功名报效国家，从而聚集在一起。
戚继光又接着说道：“‘士兵’之所以带个‘士’字，就是因为士兵的职责非常神圣，得到了朝廷和百姓的重视。
希望大家都出力效命于疆场，卫国保民，对得起这个‘士’字。”
同营地相处，同进同退，公而无私。
他会不定期到戚家军士兵们中间了解这些的生活情况，嘘寒问暖。
戚继光会问他们吃得饱不饱，穿得暖不暖，做戚家军士兵的知心人。
士兵病了，他要亲自探视，甚至帮忙煎汤药、送食。
士兵遇上了困难，戚继光一定会想办法帮助解决。
白天吃饭，他要与戚家军士兵同吃。
晚上戚家军士兵睡熟了，戚继光要看看他们睡得是否安稳。