曹闵已然到了南京刑部,他怀揣着怒火而来，一至衙门还没喘口气，就差人去调查。他心知肚明,要大事化小，需从两个方向着手,一是调查清楚案的根底，二是要向士子做好解释工作,让他们不要被人当枪使。
要做到前者并不难,李龙的秉性和生平，在当地并不是秘密。特别还有其妹李凤姐投河时写得遗书,更是随着《萱草记》的流行广为流传：“父无情日夜毒打,兄无能袖手旁观,仆无忠任意欺辱,吾无奈唯有自裁。”
曹闵道：“连自己的亲妹妹都不顾，这样软弱无能的小人,真会像他的遗书中所说的那般大义凛然不成。这其中必有其他缘由。”
于是，他和南京刑部官员,提来舒芬会审。会审之日,万人空巷，带儒巾的、带瓦楞帽的，挤挤挨挨地立在衙门口。
这样的境况是大大出乎曹闵意料的,可依照律法，这样的流程必须要走,他也只能硬着头皮走下去。然而又让他没想到的是,舒芬的确是一个实诚君子，他坦言了李龙性格中卑劣的一面。他面带羞愧道：“我曾无意间见过李家大姐一面。在她投河去后，我一直懊悔,没有早点救下她。李龙正是抓住了这一点，向我不断索取金银。在我将要议亲后，他担忧我有了妻室，对李家大姐的钦佩之情会减弱，于是提出结姻亲……”
此言一出，一片哗然。一些人开始指指点点：“这是要连死人都不放过，都要利用干净。”“他脑子有毛病吧，居然想把自己的死鬼妹妹和活的举人结冥婚！”
这时，已经有人回过味来，这只怕李龙心中有怨，为了杀人，这才找了一个由头。可也不对，人要是不被逼到绝路，又岂会愿意去死呢。
果然，在南京刑部尚书孙需询问：“这么说，李龙戕害尔等，纯属私怨，而非是公心？”
舒芬依然如实回答：“回禀尚书，他宁愿带着一家老小全部归西，也有科举改制绝了他最后一线生机的缘故。诸如他这种屡试不第、天资平平之人，连考上府学都难，又何谈其他。他自觉前途尽毁，这才。学生想来，他自觉单凭一个秀才的性命，不足以震撼朝廷，这才拉上我们。”
曹闵的眉头一皱，他道：“朝廷开科取士，本为选拔人才。如今天下承平，北与鞑靼议和，南于广州、泉州开关，整治倭患，正是大治之时，用人之际。然朝中新科进士，熟于经义，却疏于实务，对大小政务，难以上手。陛下与诸位上官，正是出于这个原因，才行学政改革，在官学之中设律学、算学等科目，待诸位学成，自可更好为朝廷效力。这当是文坛盛事，大家都是饱读诗书之人，为何反倒诸多非议？”
舒芬答道：“庙堂之上诸位相公，自是为国为民，高瞻远瞩，可学生斗胆，或许是因他们站得太高，反而看不到下头的苦楚。”
孙需闻言喝道：“大胆，安敢非议上官？”
舒芬拱手道：“学生岂敢，依学生愚见，此政固是大善，只是我等见识浅薄，恐得等一些时日，方能看到其中的好处。”
曹闵问道：“你这是何意？”
舒芬朗声道：“请恕学生直言，待到官学遍布乡野，学政清廉如水，先生个个博学，不论高门或寒门，皆能在官学中学到真正的策论之道，律算之术，那时，大家想必都会对科举改制大加赞同。可要是以上皆无，乡野之人仍求学无门，学政仍良莠不齐，先生学问仍差别不小，最后是高门窥大政，寒门空嗟叹，请恕学生等斗胆直言，这注定不得民心。今日死五人，日后只怕死得不止五人！”
孙需与曹闵对视了一眼，一时俱哑口无言，他们皆心知肚明，以如今大明的吏治和财力，根本给不了学子们一个相对平等的学习环境，既然无法承诺，那就更没什么好说的。而衙门外的一众学子，听罢后却是齐齐叫好，赞赏不已。科举本就是自古华山一条路，大家摸索了多少年，才摸清了慢慢往上爬的规则，如今上头把路子缩得更窄，却无法给予充足的保障条件，这叫大家如何同意，怎么同意？
江南学子案就此落下帷幕，虽揭穿了李龙是个卑劣小人，此举多是为了报复人，泄私愤，可一众学子对于学政改革、科举改制的不满，及其本身的弊端不足，却更加清晰地揭露出来。
曹闵长叹一声，自知科举改制怕是要缓一缓。他于是开始想法子保住李梦阳。他开始频频提审李东阳的同僚及闹事的学子，可出乎意料的是，大多数人竟然是众口一词，极言李梦阳的不是。且随着他逼问越甚，人家说得就越过分，有些低级官员甚至当面直叱：“曹御史莫不是有意为他开脱，这才逼人改供？”
而后，有几人竟然联名上奏，严词弹劾他。曹闵既惊且怒，一面上本自辩，一面又犯了拗性。他斥道：“难道就凭尔等一面之辞定罪，你们既说李梦阳过失累累，那么他是某时某事身犯何罪，可有旁证，可有物证？”
他本是查案的能手，这般较真，多方求证，自然能辨明真伪，逼得一众诬告者节节败退。他眼见局势大好，心下大定，谁知，他还没高兴多久，就在孝陵祭祀上遇见了一桩大事。
太宗朱棣迁都北京，留在南京的帝王陵墓就只有太/祖爷一个。不过，历代天子并未因不在南京而轻忽祭祀，建文帝在位时就定下了规矩，“每年元旦、孟冬、太/祖诞辰、太/祖及孝慈高皇后忌辰时酒果行香；清明、中元、冬至以太牢致祭，是为‘五小祭、三大祭’”【1】。曹闵在南京蹉跎日久，很快就等来了马皇后的忌辰。
忌辰当日，曹闵乘车马一起往紫金山去，可到了半路，不知怎得，他所乘之马突然长嘶一声，发狂冲了出去，穿过官道，钻进了山林之中。他大惊失色，在马车内撞得鼻青脸肿，直接晕厥了过去。待他醒转时，已是第三日傍晚了。他只觉浑身剧痛，随从在他身旁又哭又笑。他被吵得脑仁疼，却顾不得自己的身子，忙拽住仆从，嘶哑着嗓子道：“祭礼呢？祭礼怎么样了？”
正准备去倒水的随从，闻言顿住脚步：“这，老爷，祭礼早就结束了……”
曹闵的脸色煞白，依照典制，逢祭祀这一日，各衙门文武官员必须全体陪祭，各衙门文武官员临期不到者，要受御史纠察。【2】他只觉头一阵阵发胀，当日的情形又浮上心头，他忽然想到一件更糟的事，他又紧紧拽住随从的手：“车马……有没有损害紫金山的树……”
随从闻言更是泪如雨下：“您甭提了，正是撞倒了一棵树。山中正好有雷火损伤的枯树，那畜生一冲，一下就压倒了。”
曹闵只觉眼前一黑，虽然他的车马没有进孝陵里面，可毕竟是在紫金山出了这样的篓子，如真有心计较，真能按冲撞帝陵来论处。他恨得咬牙切齿：“一定是陷害，一定是陷害，有人在我的马上做了手脚！那头畜生呢？”
随从茫然道；“当时太混乱了，马一冲出去，就被孝陵卫团团截住，之后就被他们带走处置了。”
曹闵只觉心口抽疼得厉害，一转眼就又晕了过去。第四日，南京礼部侍郎焦芳亲自上门安慰他：“崇孝，我们知你是无心之失，一定会替你向朝廷求情。只是，外头流传的一些言论，对你颇为不利啊。”
曹闵看着这个著名的奸佞小人，严词道：“我立身持正，何惧流言蜚语？”
焦芳哎了一声：“话可不能这么说。那些士子到处传你，说你逼人改供，强保罪臣，倒行逆施，这才惹得太/祖爷发怒，不然，怎么就你一个刚进紫金山，就出这样的事呢？”
曹闵气得牙齿都在打颤：“胡说八道，胡说八道，这摆明是有人陷害！”
焦芳忙阻止他：“哎，话可不能这么说。你自己查案就讲个证据，如今说这话，可以凭据在？”
仿佛一盆冰水兜头浇下，他一双眼睛直勾勾地望着焦芳。焦芳被他盯得发毛，顾不得落井下石，随便找个理由离开。
曹闵本就受了惊吓，又摔伤了筋骨，经此一遭，郁结于心，一下病得更重。当日苦劝李梦阳的属官实在看不下去了，于深夜悄悄来探他，一见他的境况，也是一声长叹。